'Problema no sistema' é sempre contra o contribuinte

Dono de pousada recebeu, semana passada, comunicado da Prefeitura convidando a negociar supostos débitos de ISS. Como sempre paga os tributos em dia, foi verificar o que havia acontecido. Resposta:  "por um problema de sistema", o que foi pago, no mesmo dia apareceu como débito do mesmo valor.  A funcionária que atendeu disse que não era o primeiro caso, e instruiu o contribuinte para passar o problema ao fiscal, que efetuaria o estorno ou acerto.
Perguntas: por que o problema de sistema sempre é contra o contribuinte? Será que não falta um controle mais rígido do sistema de informática? Eu perdi meu tempo e a Prefeitura enviou pelo correio uma cobrança que, por menor que seja o custo, sempre é um gasto desnecessário".